Traktamente som kostnadsersättning vid avdrag för logi

Jag har följande situation:

Anställning i Sverige. Åker på tjänsteresa till Berlin fyra dagar varannan vecka*. Jag betalar boende själv, för att slippa bo på hotell. Hyr en lägenhet, och betalar per månad. Jag erhåller dagstraktamente enligt schablon för Tyskland, samt nattraktamente (då jag betalar logi själv) med ett halvt schablonbelopp.

Jag vill yrka avdrag för min logikostnad i deklarationen. Handläggare på Skatteverket hävdar att jag i min deklaration ska ta upp hela beloppet för traktamente (alltså både dag- och nattraktamente) som kostnadsersättning. Detta eftersom jag inte kan yrka avdrag på hela kostnaden för logi, och samtidigt erhålla ersättning för densamma. Jag ska sedan yrka avdrag genom att ta upp totala hyran som utlägg under Tjänsteresor (alltså inte dubbelt boende).

Jag hävdar att jag möjligtvis ska ta upp nattraktamentet som kostnadsersättning, alternativt att minska min yrkan på avdrag med motsvarande, men absolut inte hela traktamentet. Dagtraktamentet ska ju täcka kostnader för måltider, och har inget med logi att göra.

Om min arbetsgivare istället betalar hotell (vilket de kan tänka sig) eller hyran för min lägenhet (vilket de avböjt), så blir jag inte förmånsbeskattad, och jag kan dessutom erhålla skattefritt (dags-) traktamente. Om min handläggare har rätt, så innebär det alltså att det ur skattehänseende är mindre förmåligt att betala sitt boende själv, och att en del av, alternativt hela, traktamentet blir indirekt föremål för beskattning (i och med att det minskar mitt avdrag). Tycker att det verkar väldigt märkligt.

Tacksam för återkoppling om någon har insyn i detta.

*) Jag planerar mina resor så att jag inte drabbas av tremånadersregeln med sänkt skattefritt belopp för traktamente, genom att förlägga minst fyra veckors arbete i Sverige innan jag nått 90 dagars utlandsvistelse.